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高美湿地虽然面积不大,但是由于泥质及沙质滩地兼具,加上与河口沼泽地带镶嵌在一起,所以孕育了丰富又复杂的湿地生态,以及目前所知全台湾最大族群的云林莞草区,形成干湿相间伴有植物生长的复杂地形,因为地形多变,生态种类亦相当复杂,主要为鸟类、鱼类、蟹类及其他无脊椎类等生物。

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